養殖污水處理設備常用的處理方法就是采用各種技術手段，將污廢水中所含的污染物質分離去除、回收利用，或將其轉化為無害物質，使水得到凈化。處理污水的方法很多，一般可歸納為四大類，即生物處理法，物理處理法，化學處理法及自然處理法。
1、生物處理法
通過微生物的代謝作用，使廢水中呈溶液、膠體以及微細懸浮狀態的有機污染物，轉化為穩定、無害的物質的廢水處理法。根據作用微生物的不同，生物處理法又可分為需氧生物處理和厭氧生物處理兩種類型。廢水生物處理廣泛使用的是需氧生物處理法，按其工藝方式的不同，需氧生物處理法又分為活性污泥法和生物膜法兩類。活性污泥法本身就是一種處理單元，它有多種運行方式。生物膜法的處理設備有生物濾池、生物轉盤、生物接觸氧化池以及生物流化床等。生物氧化塘法又稱自然生物處理法。厭氧生物處理法，又名生物還原處理法，主要用于處理高濃度有機廢水和污泥。
2、物理處理法
通過物理作用分離、回收廢水中不溶解的懸浮狀態污染物(包括油膜和油珠)的方法，可分為重力分離法、離心分離法和篩濾截留法等。屬于重力分離法的處理單元有沉淀、上浮(氣浮)等，相應使用的處理設備是沉砂池、沉淀池、隔油池、氣浮池及其附屬裝置等;離心分離法本身就是一種處理單元，使用的處理裝置有離心分離機和水旋分離器等;篩濾截留法有柵篩截留和過濾兩種處理單元，前者使用的處理設備是格柵、篩網，而后者使用的是砂濾池和微孔濾機等。以熱交換原理為基礎的處理方法也屬于物理處理法，其處理單元有蒸發、結晶等。
3、化學處理法
通過化學反應和傳質作用來分離、去除廢水中呈溶解、膠體狀態的污染物或將其轉化為無害物質的廢水處理法。在化學處理法中，以投加藥劑產生化學反應為基礎的處理單元是：混凝、中和、氧化還原等;而以傳質作用為基礎的處理單元則有：萃取、汽提、吹脫、吸附、離子交換以及電滲析和反滲透等。后兩種處理單元又合稱為膜分離技術。其中運用傳質作用的處理單元既具有化學作用，又有與之相關的物理作用，所以也可從化學處理法中分出來，成為另一類處理方法，稱為物理化學法。
4.自然處理法
利用大自然(天然水體、土壤等)對污水進行自我凈化的原理來發揮作用。包括土地處理系統和水生植物處理系統。常見的有生物塘、土壤處理法、人工濕地處理法等。氧化塘是利用天然或人工修筑的池塘來進行污水生物處理。污水在塘內停留時間長，而水中的微生物可代謝降解有機污染物，溶解氧則通過藻類的光合作用和塘面的復氧作用來實現，可大大降低水體中的有機污染物，并在一定程度上去除水中的氮和磷，減輕水體富營養化。
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